多分组的时间序列表达谱分析工具——STEM

产品        2019-10-15   来源:城堡秘密

    根据七师弟的经验来看,虽然很多项目设计都是分成两组,但是也有基于不同时间点的分组(比如术后不同时间点),这样的项目在分析时如果是做两两组间的比较分析,获得的结果是不连贯的也是没有结论的。因此,我们需要一种可以将多个组一起分析的工具。



遵循一定的时间序列过程,则多个基因表达谱中隐含了基因表达的动态变化过程。基因芯片经常用来研究生物医学样品在一系列连续时间点下的表达差异,但是由于样品不同时间取样及芯片成本的多方面因素使得连续时间点多数只有几个。从连续时间内一系列基因表达实验的数据分析带来了新的挑战。这里将介绍一款专门用于分析时间序列基因表达谱的分析工具——STEM: Short Time-series expression Miner

STEM是一个Java 程序,version 1.3.11。它用于聚类、比较和可视化短时间序列的基因表达数据(少于或等于8个时间点)它是第一个专门为短时间序列微阵列基因表达数据分析而设计的软件程序,实现了独特的方法来聚类、比较和可视化这些数据、同时还通过其与基因本体论的整合也支持短时间序列数据的高效且统计上严格的生物解释。


网址:http://www.cs.cmu.edu/~jernst/stem/


操作步骤:

1.准备输入文件,并导入。

输入文件的格式是最常用的TXT文本格式,文件中分别罗列出基因的名称以及各个时间点的表达值,然后导入数据。根据导入的数据情况,勾选对应的选项,如数据是否经过标准化等选项,如果每个时间点有均有重复几次的基因表达结果,则点击“repeat data”进行输入。

 

 

2.注释相关的选项。

    对输入基因的信息的注释选项有两种:选择软件提供的和用户自己提供的注释。选择后软件将检索所选的数据库,对基因的GO信息、染色体位置进行分析。(示例为选择软件中自己具备的注释文件)


3. 选择算法:

此处设置的是对基因表达模式的分析方式。


在高级选项中,还提供了更多参数的可供选择项:包括对未标准化表达值的过滤等,可根据用户自己的需要设置合适的参数


4. 结果:

按照选择的参数,得到如下的结果。


每个小正方形表示通过分析后,基因集合中在各个时间点具有相似的表达模式的基因集合,有颜色的小正方形表示各个时间点基因表达的相似度是显著的(P<0.05),点击一个小方块后能够得到更详细的基因集合的信息(比如点击了第一个小方块)。


结果中会显示这个基因集合中的基因的个数、显著性p值等信息。其下方的两个选项能够将该集合中的基因以及基因所在的功能导出,一边进行下一步更深入的分析。

 

 



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